Zerstörung und Wiederaufbau

Der 30-jährige Krieg führte zu schweren Verwüstungen in der Stadt. Auch die Kirchen wurden bei Belagerungen und beim großen Stadtbrand 1634 zerstört. Anlässlich des Überganges der Oberlausitz von der böhmischen Krone an Sachsen 1635 wurde im „Traditionsrezeß“ festgelegt, dass es künftig keine Änderungen in religiösen Angelegenheiten geben dürfe. Dadurch wurde die Rechtsstellung der durch den Stadtrat vertretenen evangelischen Mehrheit und der durch das Domstift vertretenen katholischen Minderheit für die kommenden Jahrhunderte festgeschrieben.
Die Zerstörungen und Erschütterungen des 30-jährigen Krieges bewirkten eine verstärkte Hinwendung zum christlichen Glauben. Viele deutsche Städte unterstützten den Wiederaufbau der Petrikirche. Deren Wappen finden wir im Gewölbe der Kirche. Fromme Bürger wie Gregorius Mättig stifteten Kunstgüter für die Inneneinrichtung, z. B. die Leuchter, den Südaltar und verschiedene Abendmahlsgeräte. Die Maler Sporer und Crocinus schufen bis heute erhaltene Meditationsbilder. Der Kantor und Stadtmusiker J. Pezelius (1639–1694) war weit über die Grenzen der Stadt berühmt. Für die Arbeit unter den Kindern der Gemeinde wurde 1702 ein Katechet eingestellt, welcher in der Hospitalkirche Maria-und-Martha die Heranwachsenden auf die Konfirmation vorbereitete. Die Abendmahlskollekten wurden für den Unterhalt des 1699 gegründeten Waisenhauses verwendet. Im ersten Drittel des 18. Jahrhunderts erreichte die Abendmahlsbeteiligung in der Kirchgemeinde St. Petri und das evangelische Kirchenleben insgesamt den historischen Höchststand.
Die Konkurrenzsituation von evangelischen Landständen und katholischem Kollegiatstift, welches inzwischen zur apostolischen Administratur für die Lausitz mit eigenem Bischof erhoben worden war, bewirkte ein erstes Aufblühen des sorbischen Schrifttums. Unter anderem entstanden in Bautzen zwei obersorbische Bibelübersetzungen: eine katholische, welche ungedruckt blieb, und eine evangelische, die 1728 in Bautzen herausgegeben wurde.